L’Église se remit difficilement de tous ces changements qui lui furent imposés durant les années 1900-1910 : dissolution des associations, séparation de l'Église et de l'État, instauration du denier de l’Église. À Caudan comme ailleurs, le recteur fut dans l'obligation d'y faire face. On sent chez lui, par la lecture des faits qu'il rapporte, lassitude et découragement dus principalement à l'indifférence de ses paroissiens. Une bonne nouvelle vint malgré tout l'encourager et lui faire plaisir : « depuis plus de trente ans, la question se pose tous les jours d'une manière plus pressante, la nécessité de créer de nouveaux centres religieux sur la paroisse. Aucun ne désire la séparation plus que moi. Mgr Latieule avait préparé un commencement d’exécution de l'œuvre. C'est sans doute à Mgr Gouraud (évêque de Vannes 1906-1928) qu'il est réservé de le réaliser et c'est à moi qu'appartiendra l'honneur de le seconder dans ses desseins », écrivait-il le 11 mai 1907.
Ses vœux ne tardèrent pas à se réaliser. Par un décret en date du 12 août 1907, Mgr Gouraud érigea en paroisse le quartier des chantiers et du Plessis, sous le titre de : paroisse Saint Joseph du Plessis. Le 17 août la semaine religieuse annonçait la création d'une nouvelle paroisse « au Pont de Kerentrech-Caudan ; elle sera placée sous le patronage de Notre-Dame auxiliatrice. Le titulaire de cette future église sera Saint Isidore, patron de l'ancienne frairie de Kerguillé » (voir le plan ci-dessous). Le quartier de Lanester avait donc maintenant ses deux églises...
« Quand verrons-nous maintenant la création de deux communes ? » s'impatiente le recteur : « Suivant toutes les probabilités on retardera cette création le plus longtemps possible. L'administration et les politiciens dont elle dépend désirent choisir, pour le faire, le moment le plus favorable à leurs intérêts. Le projet de loi, élaboré par le Conseil d’État, ne sera présenté aux chambres que lorsque le terrain aura été suffisamment préparé en vue des élections municipales, que les amis du gouvernement veulent aussi radicales et antireligieuses que possible ». Il dut attendre deux années, avant la création en mai 1909 des deux communes. Le conseil municipal fut dissous et de nouvelles élections municipales eurent lieu. Les élections de Caudan, note le recteur, apparemment très impliqué dans cet évènement « ont été aussi mauvaises qu'elles pouvaient. Les catholiques ont tenu à se présenter, malgré le recteur. Ils auraient mieux fait de suivre l'inspiration du clergé. Voilà bientôt quatre ans que je suis recteur de Caudan. Pas une année sans élection ; toujours elles ont tourné contre nous. Le triomphe de la mauvaise liste a été d'autant plus fâcheux que le clergé était pris à partie. C'est contre les prêtres et, pourquoi ne pas le dire, contre le recteur que les élections ont été faites. La paroisse est secouée, les pratiques religieuses diminuent et le prêtre perd de son prestige à force d'être vaincu... ».
Il est vrai que durant ces quatre années, l'entente cordiale ne fut pas d'actualité ! Après une dernière polémique, le conseil municipal autorisa le recteur à rejoindre son presbytère moyennant un loyer modique, jusqu'à ce que l'abbé Jagourel en fasse l'acquisition. Le presbytère redevint donc propriété paroissiale. L'abbé Le Garrec, probablement fatigué, lui si loquace auparavant, ne mentionne les évènements de sa paroisse que très succinctement : « Visite pastorale de Mgr Gouraud en mai 1911, aucun fait saillant, démolition de la chapelle de la Croix en 1912 », et à partir de là, plus rien, pas un mot. Il passera sous silence la première guerre mondiale. L'histoire de la paroisse ne reprendra qu'en janvier 1919, date d'arrivée de l'abbé Gouarin en remplacement de l'abbé Le Garrec nommé chanoine titulaire de la cathédrale de Vannes.
