Les vicaires sont mobilisés, l’abbé Le Dé est appelé dans l’infanterie et l’abbé Lallemant, instituteur, dans le génie. « Il fallait, note le recteur, garder nos écoles et grâce au dévouement des religieuses sécularisées, notre école Ste Anne est maintenue jusqu’au retour de l’abbé Lallemant qui avait échappé à l’emprisonnement ». Ce dernier sera nommé en 1944 professeur d’histoire au collège St Ivy de Pontivy, à l’âge de 40 ans ; ce fut un homme « complaisant et très actif », en tout cas passionné et grand amateur de musique et de chorale. Il sera remplacé par l’abbé Clovis Le Priol actuellement en retraite à St Joachim.
Le Führer et son armée voulaient envahir l’Angleterre, mais, de leur côté, les Anglais poursuivaient l’ennemi partout où il se tenait et, note le recteur, « Ce fut pour notre pays un grand malheur ; que de calamités, de destructions, de victimes provoquées par le feu infernal des bombardements Anglais et Américains ! quand on y pense, on frémit d’horreur ! Lorient est détruit de fond en comble ; notre église de Caudan a eu ses vitraux brisés du côté de l’Évangile, mais le bourg n’a rien eu (il en parle avant août 1944). La campagne par contre a eu beaucoup à souffrir des bombes et fusées incendiaires (il note une soixantaine d’incendies) ».
La campagne caudanaise a elle aussi beaucoup souffert de l’occupation ne serait-ce que des sols : prairies entières, champs de culture rendus inutilisables.
Des bruits de débarquement allié circulaient bien- sûr dans la population, mais non sans appréhension bien naturelle ; en particulier la question principale était de se demander où il aurait lieu : « ce débarquement provoquerait encore d’autres malheurs, note le recteur, que le bon Dieu nous en préserve… »
Et pendant ce temps là ajoute-t-il, « des réfugiés, fuyant la ville, arrivent de partout ; les pauvres gens ! Quelques-uns ont tout perdu : ruinés, maison démolie ou incendiée ; de ce fait nos églises sont remplies aux messes... »
L’abbé Le Bayon décédera à Auray le 5 avril 1951 ; selon sa volonté (au dire de sa famille) sa mort ne fut annoncée à personne et ce n’est que le lendemain de son enterrement que la nouvelle fut connue à Caudan. Un service solennel fut chanté à son intention, « l’assistance aurait pu être plus nombreuse, note son successeur, l’abbé Le Lausque, les prêtres sont vite oubliés !… »