En 1905 fut votée la loi de séparation de l'Église et de l'État ; nous aurons peut-être l'occasion d'en reparler lors de son centenaire. En résumé, cette loi, tout en assurant la liberté de conscience et la liberté des cultes, rompait le concordat de 1801: elle supprimait la subvention aux ministres du culte et les biens d'Église passèrent dans le domaine public ; ce qui donna lieu aux fameux “inventaires” qui ne se déroulèrent pas toujours très bien, surtout en Bretagne, et Caudan ne fit pas exception...
Le recteur de l'époque nous en a laissé de larges écrits : les Caudanais du “Nord” ( en opposition à ceux du “Sud”, les Lanestériens...), farouchement opposés à ce que l'état s'approprie leurs chapelles firent barrage en empêchant l'entrée des édifices religieux aux fonctionnaires chargés d'en inventorier les biens. Quelques anciens Caudanais se souviennent d'avoir entendu leurs parents en parler ; le mot d'ordre du recteur était de “ne frapper ni insulter aucun fonctionnaire”, mais certains paroissiens excités, armés de gourdins et de fourches étaient tout prêts de passer à l'acte !....
La loi fut bien sûr appliquée et la chapelle du Trescouet (avec les autres...) devint propriété de l'État : le clergé en gardait l'usage mais les travaux d'entretien incombaient à la commune ; on trouve ainsi dans un compte-rendu du Conseil une lecture de Mr le Maire “du devis de travaux urgents à faire à la chapelle du Trescouet d'un montant de 12500 francs”...
Survint la guerre de 39-45, ses bombardements, la poche de Lorient qui marqua profondément Caudan, placée en première ligne.
L'église paroissiale fut dynamitée le 11 août 1944 et les paroissiens se retrouvèrent sans lieu de culte au bourg; paroissiens peu nombreux d'ailleurs car beaucoup, pour se mettre en sécurité, s'étaient réfugiés dans les communes environnantes, plus sûres. C'est la chapelle du Trescouet qui devint le lieu de rassemblement des fidèles. Le bourg étant souvent bombardé, il n'était pas prudent d'y stationner ; même les enterrements devenaient dangereux, aussi furent-ils célébrés à la chapelle.
Un riverain nous a rappelé les difficultés rencontrées durant cette époque : les convois mortuaires hésitaient à se rendre au cimetière du bourg, pour différentes raisons : les dangers d'abord, mais aussi les moyens ; les corbillards manquaient, les autres moyens attelés aussi ; on dû même dans certains cas utiliser les brouettes... Plusieurs inhumations se firent ainsi autour de la chapelle durant cette triste période ; les corps furent ensuite exhumés à la fin de la guerre pour rejoindre le cimetière communal.
La chapelle servit de lieu de culte jusqu'à la mise en service, fin 1945, d'une baraque provisoire près du presbytère, à l'emplacement du parking actuel. Cette baraque devint vite trop petite et, en novembre 1946, l'église provisoire en bois accordée par la reconstruction fut mise en chantier. Sa bénédiction eut lieu le 30 mars 1947.
A partir de cette date, la chapelle du Trescouet reconnut son train-train habituel à l'occasion de ses Pardons, ses Vêpres suivis de processions, jusqu'à qu'il fut question de l'hôpital Charcot... (ci-dessus un extrait du plan cadastral avant l'implantation de l'hôpital).
